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Le Centre Borelli dépend de 5 établissements tutelles (ENS Paris-Saclay, CNRS, Service de santé des armées, Université Paris Cité et Inserm) mais il est impliqué dans plusieurs autres Institutions.
L'intégrité scientifique est au coeur de l'initiative de recherche reproductible que le Centre Borelli encourage et promeut par exemple à travers le journal IPOL dans le domaine des données et de l'image.
L'archive ouverte pluridisciplinaire HAL est destinée au dépôt et à la diffusion d'articles scientifiques. Les publications du Centre Borelli sont regroupées dans une collection.
Le Centre Borelli mène des travaux de recherche en collaboration avec des entreprises. Citons par exemple Tarkett ( leader mondial des solutions innovantes de revêtements de sol), Kayrros (leader mondial de l'intelligence environnementale au service des industries) et l'Agence France-Presse (agence d’information mondiale).
Le journal IPOL est une revue scientifique en traitement et analyse d'images et de signaux qui met l'accent d'une part sur le rôle des mathématiques comme source de conception d'algorithmes et d'autre part sur la reproductibilité de la recherche.
Les doctorants du Centre Borelli sont rattachés à différentes écoles doctorales dont l'Ecole doctorale de mathématiques Hadamard de l'Université Paris-Saclay et l'Ecole doctorale cerveau, cognition, comportement de l'Université Paris Cité.