Le Centre Borelli est rattaché à 4 tutelles (ENS Paris-Saclay, CNRS, Service de santé des armées, Université Paris Cité) et est affiliée à l'Inserm. Mais il est impliqué dans plusieurs autres Institutions.
L’ENS Paris-Saclay est un des établissements-composantes de l’Université Paris-Saclay créé le 1er janvier 2020. Le Centre Borelli est donc l’un des 275 laboratoires de ce campus.
L'université est un établissement public expérimental, composé d'opérateurs internes (IUT, UFR, Polytech,...), d'établissements composants (CentraleSupelec, AgroPariTech, ENS, Institut d'optique), d'universités membres asssociées (Evry et Versalles) et d'organismes de recherche (IHES, CNRS, CEA, INRAE, INRIA, INSERM, ONERA).
Cette UFR est l’une des 9 composantes de la Faculté des Sciences de l’Université Paris Cité qui regroupe des laboratoires comme le Centre Borelli et des plateformes techniques et où sont développées des formations qui s’appuient sur la collaboration étroite entre chercheurs, ingénieurs, pharmaciens, et médecins et qui proposent d’aborder, par un éclairage pluridisciplinaire, des thématiques actuelles telles que, les neurosciences, la chimie du vivant, l’ingénierie pour la santé ou la toxicologie liée à l’environnement.
Cet institut labellisé par l’ANR a pour objet de fédérer et structurer les expertises pluridisciplinaires dans le périmètre de l’Université Paris-Saclay, en sciences des données, en Intelligence Artificielle et dans l’étude de leurs enjeux sociétaux. Ses missions sont la promotion des formations d’excellence, le renforcement des relations entre le monde académique et industriel, et le rassemblement des compétences dans ces domaines. Le Centre Borelli en fait naturellement partie.
Le Centre Borelli entretient des liens étroits avec cette fondation dont l’ENS de Cachan devenue ENS Paris-Saclay était l’un des membres fondateurs en 2010. Cette fondation a pour objectif de conduire un projet d’excellence scientifique dans le domaine des mathématiques et de leurs interactions et met en synergie 12 laboratoires de mathématiques. Elle a en particulier pour mission de développer des actions structurantes sur le campus de Paris-Saclay en incluant l’Institut Polytechnique de Paris notamment en termes de formation graduée, doctorale et postdoctorale,
C'est une structure de l’Université Paris-Saclay rassemblant la recherche en mathématiques fondamentales et appliquées, l’innovation et la formation au niveau master et doctorat toujours en mathématiques. Elle est composée de la mention de master Mathématiques et Applications, de l’école doctorale de mathématique Hadamard EDMH, des unités de recherche en mathématiques dont le Centre Borelli et d’une unité mixte de service la bibliothèque Jacques Hadamard.
Le label Carnot est décerné par le ministère de l’Enseignement supérieur, de la Recherche et de l’Innovation à des établissements de recherche qui s’engagent à développer des partenariats de recherche public-privé ici dans le champ thématique de la cognition. Il s’agit d’un consortium destiné à favoriser la conduite de travaux de recherche avec en particulier des entreprises. Ces dernières bénéficient ainsi d’un guichet unique pour accéder à un portail de compétences leur permettant de mieux prendre en compte les capacités humaines dans le développement de technologies et services innovants.